Shopify自建站平台存在以下一些缺点：

　　1. 交易费用：如果不使用Shopify Payments，平台会收取额外的交易手续费，根据不同的计划，费率分别为0.5%-2%不等，这可能会迅速增加成本。

　　2. 应用程序费用：虽然Shopify提供超过1400种应用程序来扩展在线商店的功能，但许多应用不是免费的，需要每月支付费用才能使用，这可能导致成本上升。

　　3. 语言和技术问题：

　　Liquid语言小众：网站程序采用Liquid语言，在中国很难找到非常专业的Liquid程序员，且该程序的教程基本是英文的，与php不同，国内Liquid语言的开发资源和成熟中文课程相对较少。

　　备份转移复杂：如果要迁移网站，目前只能导出csv格式的产品，对于博客内容、联系我们、退换货策略等页面很难恢复。

　　4. 功能限制：

　　多语言支持不佳：建立多语言商店相对不容易且成本较高，对于面向国际市场、需要多种语言版本的店铺来说，这是一个较大的挑战。

　　部分高级功能需较高付费计划：一些较酷的功能，如废弃购物车功能等，仅包含在较高价格的计划中，低级别计划可能无法使用。

　　批发功能欠缺：对于想做B2B小额批发的商家，Shopify基本没有涉及批发功能，如要对价格进行阶梯设置等，往往需要依赖应用程序来实现，而在其他一些平台上，这类批发功能相对普遍。

　　5. 流量获取困难：Shopify自身不产生流量，卖家需要自己通过各种推广渠道，如Facebook广告、SEO等解决流量问题，这需要投入大量的时间、精力和资金，且对卖家的营销能力有较高要求。

　　6. 学习成本较高：平台的使用和功能设置有一定学习门槛，尤其是对于不熟悉电商运营和建站技术的新手来说，可能需要花费不少时间研究学习，才能较好地掌握平台的操作和各项功能。

　　7. 定制功能受限：尽管可以在一定程度上修改模板和布局，但对于一些复杂的、高度个性化的定制需求，可能需要专业的开发人员进行代码层面的修改，且定制成本可能较高。